《環境行政處罰辦法》規定，環境保護行政處罰案件應當自立案之日起的3個月內作出處理決定。對這項規定，實踐中存在不同理解。有的觀點認為，這只是生態環境部門基于提高行政效率的角度，對自身行為的規范，不具有強制性。另一種觀點認為，部門規章的規定對行政機關是有約束力的。司法機關基本上秉持后一種觀點。

此次《行政處罰法》修訂，對行政處罰的期限作了明確規定，行政機關應當自行政處罰案件li案之日起90日內作出行政處罰決定。生態環境部門，應當嚴格按照上述規定執行。

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